Lehrstuhl für Bioinformatik II

Projekte

Die Regulation des RNA-Lebenszyklus ist entscheidend für eine gesunde Funktion aller Zellen. Umgekehrt kann die Missregulation von RNAs zu einer Vielzahl von Krankheitsbildern führen. Ein Verständnis der Mechanismen der RNA-Regulation hilft uns zu verstehen, wie diese Krankheiten entstehen, und kann zur Entwicklung neuer Therapieansätze genutzt werden. 

Unsere Forschung am Lebenszyklus der RNAs lässt sich dabei in die folgenden Schwerpunkte unterteilen:

RNA-Spleißen in menschlichen Erkrankungen

Schema des RNA Splicing Prozesses

Das Spleißen ist ein entscheidender Prozess in der RNA-Verarbeitung. Wir interessieren uns dafür, wie Spleißen in der Zelle reguliert wird und betrachten die Auswirkungen auf verschiedene Krankheiten.

Zytoplasmatische RNA-Regulation

Schema eine RNA-Transport-Maschinerie zeigt.

Im Zytoplasma wird die Translation der mRNAs und ihr Abbau reguliert. Außerdem kann lokalisation der mRNAs kann beeinflussen, ob die mRNAs translatiert werden und wo die lokal translatierten Proteine ihre Wirkung entfalten.

RNA-Modifikationen

Schema in dem eine m6A Modifikation auf eine DRACH Position geschrieben wird und von anderen Proteinen ausgelesen wird.

Hier untersuchen wir wie RNA-Modifikationen den Lebenszyklus der modifizierten RNA beeinflussen. m6A, die häufigste interne RNA-Modifikation in mRNAs, kann unter anderem die Stabilität, Translation und den Abbau der RNAs beeinflussen.

DNA-Schäden und Genomregulation

Schema mit Nucleosomen links und Cohesin?Condensin Loops rechts.

DNA-Schäden können durch verschiedene Faktoren wie UV-Strahlung, chemische Mutagene und reaktive Sauerstoffspezies aber auch durch den natürlichen Alterungsprozess verursacht werden. Wir interessieren uns besonders für Mechanismen wie DNA-Reparatursysteme, die DNA Schäden erkennen und beheben, um die Integrität des Genoms zu erhalten.

Software Toolbox

Wir entwickeln Software Paktete für die wissenschaftliche Gemeinschaft. Diese etablieren neue Analysemethoden für spezielle Sequenzierungsdaten oder vereinfachen deren Analyse.