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Doktorandenstelle Peroxisome Biogenesis and Proteostasis
Wir suchen eine(n) Doktoranden/Doktorandin mit Interesse an Massenspektrometrie zur Untersuchung des peroxisomalen Proteinimports.
Die volle Ausschreibung gibt es hier.
Offene Masterarbeitsposition für die Analyse peroxisomaler Proteinimportkomplexe
Störungen der Peroxisomenfunktionen und des peroxisomalen Proteinimportsystems führen häufig zu schweren Erkrankungen, die sich in Fehlbildungen z. B. des zentralen Nervensystems, verschiedener Organe und der Muskeln äußern. Solche peroxisomalen Störungen werden vererbt und schreiten oft rasch fort, sodass sie nach der Geburt oder in der frühen Kindheit zum Tod führen. Um die molekularen Grundlagen der peroxisomalen Störungen besser zu verstehen, werden Sie Proteinkomplexe des peroxisomalen Importsystems mit Hilfe modernster Techniken der strukturellen Massenspektrometrie (MS), einschließlich chemischer Quervernetzung und nativer Protein-MS, untersuchen. Zu diesem Zweck werden Sie Proteine rekombinant exprimieren und reinigen, Multiproteinkomplexe rekonstituieren und deren Wechselwirkungen charakterisieren. Um die Struktur dieser Multiproteinkomplexe mit hoher Auflösung aufzuklären, werden Sie mit Experten für Kryo-Elektronenmikroskopie zusammenarbeiten. Für weitere Lektüre siehe Lill et al. 2020 (DOI: 10.1073/pnas.2009502117) und Fischer et al., 2022 (DOI: 10.1515/hsz-2022-0168).
Der Lehrstuhl für Biochemie II (AG Warscheid) bietet ein sehr kollegiales, internationales Arbeitsumfeld in gut ausgestatteten Laboren im Biozentrum der Universität Würzburg mit der Möglichkeit, praktische Erfahrungen im Umgang mit hochauflösenden MS-Geräten zu sammeln. Ziele der Ausbildung im Warscheid-Labor sind die Fähigkeit, (i) Experimente gründlich zu planen, (ii) moderne Technologien in der Biochemie und Proteomik effektiv zu nutzen, (iii) reproduzierbare und fortgeschrittene Datenanalysen durchzuführen (einschließlich der Erstellung von Skripten für Analyse-Workflows), (iv) die gewonnenen Daten kritisch zu bewerten und (v) selbstständig Experimente zur Beantwortung wichtiger Forschungsfragen in den Bereichen Biochemie, Proteomik und Molekularbiologie/Medizin durchzuführen.
Interessierte Bewerber, die derzeit in einem Masterstudiengang an der Universität Würzburg eingeschrieben sind, können sich per E-Mail (l-biochemie2@biozentrum.uni-wuerzburg.de) an Prof. Warscheid wenden.
Offene Stelle für Masterarbeit zur Untersuchung von Fehlern in der Biogenese menschlicher Peroxisomen
Störungen der Peroxisomenbiogenese können beim Menschen zu schweren Erkrankungen führen, die sich in Fehlbildungen des zentralen Nervensystems, der Organe und der Muskeln äußern. Solche peroxisomalen Störungen werden vererbt und schreiten rasch fort, sodass sie der Geburt oder in der frühen Kindheit zum Tod führen. Um weitere Einblicke in die molekularen Prozesse zu erhalten, die der Entwicklung peroxisomaler Störungen zugrunde liegen, werden Sie Loss-of-Function-Studien mit Proteinen durchführen, die für die Biogenese menschlicher Peroxisomen wesentlich sind. Zu diesem Zweck werden Sie quantitative Proteomstudien in humanen PEX-Knockout (KO)-Zelllinien durchführen, die mit Hilfe der CRISPR/Cas9-Technik erzeugt wurden. PEX-Gene kodieren für peroxisomale Proteine (so genannte Peroxine), die für die Biogenese von Peroxisomen in menschlichen Zellen erforderlich sind. Sie werden eine Sammlung von PEX-KO-Zelllinien mittels hochauflösender Massenspektrometrie (MS) in Kombination mit isobarer Stabilisotopenmarkierung und markierungsfreien Ansätzen für die quantitative Analyse analysieren. Darüber hinaus werden Sie untersuchen, ob die Deletion von PEX-Genen zu einem spezifischen Proteinabbau durch das Proteasom-Ubiquitin-System oder zu Veränderungen der Proteinlokalisierung in diesen Zellen führt. Die bioinformatische Analyse der gewonnenen quantitativen Proteomdaten wird zeigen, welche Stressreaktionen in Abwesenheit bestimmter Peroxine aktiviert werden.
Der Lehrstuhl für Biochemie II (AG Warscheid) bietet ein sehr kollegiales, internationales Arbeitsumfeld in gut ausgestatteten Laboren im Biozentrum der Universität Würzburg mit der Möglichkeit, praktische Erfahrungen im Umgang mit hochauflösenden MS-Geräten zu sammeln. Ziele der Ausbildung im Warscheid-Labor sind die Fähigkeit, (i) Experimente gründlich zu planen, (ii) moderne Technologien in der Biochemie und Proteomik effektiv zu nutzen, (iii) reproduzierbare und fortgeschrittene Datenanalysen durchzuführen (einschließlich der Erstellung von Skripten für Analyse-Workflows), (iv) die gewonnenen Daten kritisch zu bewerten und (v) selbstständig Experimente zur Beantwortung wichtiger Forschungsfragen in den Bereichen Biochemie, Proteomik und Molekularbiologie/Medizin durchzuführen.
Interessierte Bewerberinnen und Bewerber, die derzeit in einem Masterstudiengang an der Universität Würzburg eingeschrieben sind, können sich per E-Mail an Prof. Warscheid wenden (l-biochemie2@biozentrum.uni-wuerzburg.de).
Offene Masterarbeitsposition zur Erforschung stressspezifischer Veränderungen in der Proteintranslation mittels nascent chain Proteomik
Die Forschung in der Warscheid-Gruppe zielt auf ein molekulares Verständnis der Art und Weise ab, wie Säugetierzellen die Proteostase unter verschiedenen Stressbedingungen aufrechterhalten, einschließlich mechanischem Stress, oxidativem Stress und mitochondrialem Stress. Eine wichtige Reaktion des zellulären Proteostase-Netzwerks ist die schnelle Anpassung des Translationsprogramms an den zytosolischen Ribosomen. Während die globale Translation abgeschwächt wird, produzieren Ribosomen stressspezifische Faktoren, um ein gesundes Proteom aufrechtzuerhalten. Das Wissen über diese Umgestaltung des entstehenden Proteoms als Reaktion auf Stress ist jedoch weitgehend auf eine Reihe bekannter Proteostasefaktoren beschränkt. Um ein neues, ganzheitliches Verständnis der stressspezifischen Translationsprogramme in menschlichen Zellen zu erlangen, werden Sie nascent chain Proteomik unter Verwendung von in vivo Markierungsmethoden und hochauflösender Massenspektrometrie (MS) etablieren und verfeinern. In Ihrer Arbeit werden Sie Stresssignale in menschlichen Zellen durch verschiedene Behandlungen (z.B. Inhibitoren, RNAi-vermittelte Knockdowns, oxidative Stressinduktoren oder elektrische Pulsstimulation) induzieren und die induzierten Veränderungen in der Proteintranslation (d.h. das naszierende Proteom) mit Hilfe von globalen Translationsassays, Pulsmarkierungstechnologie von naszierenden Ketten mit der nicht-kanonischen Aminosäure Azidohomoalanin (AHA), Click-Chemie für Peptidanreicherung und hochauflösender Flüssigchromatographie (LC)-MS analysieren. Sie werden von Doktoranden im Labor ausgebildet und betreut, können aber auch eigene Ideen in das Projekt einbringen.
Der Lehrstuhl für Biochemie II (AG Warscheid) bietet ein sehr kollegiales, internationales Arbeitsumfeld in gut ausgestatteten Laboren im Biozentrum der Universität Würzburg mit der Möglichkeit, praktische Erfahrungen im Umgang mit hochauflösenden MS-Geräten zu sammeln. Ziele der Ausbildung im Warscheid-Labor sind die Fähigkeit, (i) Experimente gründlich zu planen, (ii) moderne Technologien in der Biochemie und Proteomik effektiv zu nutzen, (iii) reproduzierbare und fortgeschrittene Datenanalysen durchzuführen (einschließlich der Erstellung von Skripten für Analyse-Workflows), (iv) die gewonnenen Daten kritisch zu bewerten und (v) selbstständig Experimente zur Beantwortung wichtiger Forschungsfragen in den Bereichen Biochemie, Proteomik und Molekularbiologie/Medizin durchzuführen.
Interessierte Bewerberinnen und Bewerber, die derzeit in einem Masterstudiengang an der Universität Würzburg eingeschrieben sind, können sich per E-Mail an Prof. Warscheid wenden (l-biochemie2@biozentrum.uni-wuerzburg.de).
