Methoden
Information und Wissen
Unsere Forschung konzentriert sich auf die systematische Untersuchung der Biogenese des Proteoms von Mitochondrien und Peroxisomen und die Integration dieser lebenswichtigen Organellen in größere Signalnetzwerke in Hefe- und menschlichen Zellen. In einer ergänzenden Forschungslinie untersuchen wir systematisch Proteinkinase- und Proteinphosphatase-abhängige Signalnetzwerke in Säugetierzellen, um komplizierte Substrat-Kinase/-Phosphatase-Beziehungen auf systemweiter Ebene zu entschlüsseln. Wir interessieren uns hier insbesondere für Signalprozesse beim Schutz vor mechanischer Belastung. Um diese dynamischen Organellen- und Signalsysteme im zellulären Kontext zu charakterisieren, entwerfen wir facettenreiche und integrative Proteomik-Ansätze, die es auch ermöglichen, skalierungsübergreifende biologische Fragestellungen gezielt zu adressieren. Dabei bauen wir auf unsere Expertise in quantitativen, funktionalen,
- Hochauflösende Organellen-Proteomik
- subzelluläres und suborganellares Proteinprofiling
- Membrankomplexom- und Topologieprofilierung
- organellare Proteomdynamik und ImportOmics
- Interaktion und Proximitätsproteomik
- quantitative Affinitätsreinigungs-Massenspektrometrie (qAP-MS)
- In-vivo- Proximity-Labeling-Techniken (APEX, BioID)
- Strukturelle Proteomik
- Quervernetzende Massenspektrometrie (XL-MS)
- Native MS
- Signalproteomik
- globale, quantitative und zeitaufgelöste Phosphoproteomik
- quantitative Redox-Proteomik unter Verwendung der Thiol-Trapping-Technologie
- weitere PTM-Analyse (z. B. Methylierung, Ubiquitinierung)
- Quantitative Proteomik
- zielgerichtete MS mit parallelem Reaktionsmonitoring (PRM)
- Markierungstechniken für stabile Isotope (SILAC, Dimethyl, TMT, ICAT)
- markierungsfreie und absolute Quantifizierung
![Functional Proteomics Toolbox. In unserer Forschung verwenden und entwickeln wir High-End-MS-basierte Proteomik-Technologien zusammen mit einer Sammlung moderner molekularbiologischer und biochemischer Methoden, um die verschiedenen dynamischen Eigenschaften von Proteinen (z. B. Häufigkeit, Wechselwirkungen, PTMs, Umsatz, Lokalisierung) auf einem System zu untersuchen. breite Ebene. Der Schlüssel zu unserer gründlichen Analyse von Proteininteraktions- und Signalnetzwerken, Membranproteinanordnungen und dynamischen organellaren Proteomen ist die Verwendung quantitativer hochauflösender MS-Technologien in Kombination mit computergestützten Proteomik-Ansätzen und statistischer Datenanalyse. Funktionale Proteomics Toolbox, unterschiedliche Proteomik Technologien werden mit molekularbiologischen und biochemischer Methoden auf unterschiedliche Eigenschaften untersucht](/fileadmin/08030200/Methoden/MS.png)